La prison Saint Joseph a été érigée entre 1827 et 1831 sur des plans de Louis-Pierre Baltard, qui la composa de plusieurs pavillons permettant de traiter différemment les populations carcérales. Au centre de ce plan symétrique rectangulaire était le poste de garde, surmonté de la chapelle construite sur un plan octogonal à coupole.

Baltard avait en effet voulu faire de sa prison un lieu de rédemption et de reconstruction morale plutôt qu’un lieu d’expiation, raison pour laquelle elle avait à la fois des allures de couvent et d’hôpital. La chapelle était essentielle dans ce projet. Les soins des prisonniers étaient d’ailleurs assurés pour partie par des religieuses, et les enfants étaient pris en charge par « une corporation religieuse établie sous le nom de Frères de Saint-Joseph »

Moins de quatre-vingts ans plus tard, devenues insalubres et surpeuplées, les prisons de Lyon furent transférées à Corbas et la collectivité décida de restructurer le site de Perrache qui lui offrait 22 000 m² en pleine ville. 

Conformément au cahier des charges, la transformation du site des prisons entre 2012 et 2015 permit de conserver environ un tiers des bâtiments : la rotonde centrale et la chapelle, les pavillons d’entrée, le pavillon central ouest et les galeries de distribution à colonnades.